以莫高窟为例的大型遗址，由于其规模、复杂性、自然和人为现象以及过往对相关安全因素的忽视，存在保护和管理问题。洪水、地震、地质不稳定、风沙和人类活动都可能使其价值严重退化，而过度游览可能进一步加剧损害。

1989 年，敦煌研究院和盖蒂保护研究所在中国国家文物局的支持下开始合作。此时，莫高窟保护先驱常书鸿、段文杰和樊锦诗已经在此开展了逾 40 年保护研究工作，已识别出威胁莫高窟的主要因素，如安全措施、崖体面稳定性、洪水等，并采取了一些至今仍在采用的有效应对措施。基于此，敦煌研究院和盖蒂保护研究所展开合作，并扩展研究以应对各项旧问题和新挑战。

双方的合作首先是耐久合成网格制成防沙围栏，已在防沙方面证实有效。该设计部分基于 GCI 安装的环境监测站的风力数据。该技术还用于理解洞窟内微气候条件。接下来双方共同开展敦煌莫高窟第 85 窟壁画的保护、研究和相关培训工作。为进一步扩大合作，澳大利亚遗产委员会加入了双方合作关系并与中国国家文物局联合，参与制定和实施《中国文物古迹保护准则》，该准则随后由中国古遗址保护协会发布。双方在其他诸多方面也开展了合作，如加强莫高窟游客管理和制定遗址的承载能力等。2016 年在洛杉矶盖蒂中心成功举办了一场展览，敦煌研究院借出了三个复制洞窟。近期双方的合作重点在制定《甘肃省洞窟遗址保护准则》。

总体而言，上述工作带来一些遗址保护的启示：遗址保护和管理是多方面的，且由社会需求决定；需要致力于理解并保护遗址价值；遗址保护并非单纯科学技术问题；新的威胁因素可能会出现，如当前气候的变化，因此需要预先规划。最重要的是，敦煌研究院和盖蒂保护研究所 35年来牢固持久的合作表明这是互利共赢的，这已达到初衷。